新建商丘至合肥至杭州铁路自商丘站上跨既有京九线后并行于京九线北侧走行，进安徽省后，向西南经亳州市、阜阳市、淮南市，沿合蚌客专引入合肥枢纽合肥站，同时沟通在建的合肥南站。出合肥站后，经合福铁路的巢湖东站、新建芜湖铁路长江大桥引入芜湖站。之后利用芜湖至宣城的皖赣线扩能改造工程过宣城，然后经过广德进入浙江省，引入湖州站，最后利用宁杭客专引入杭州东站。

   湖州站位于湖州市城郊西塞山景区，西塞山路西端，中心里程为DK712+851.41，分为宁杭场和普速场。宁杭场目前为3台7线，其中宁杭正线2条，宁杭到发线5条，旅客地道一座、行包地道一座、天桥一座，现主要承担宁杭线高铁动车运输。普速场为2站台4线，其中宣杭正线2条，宣杭到发线2条，目前不办理客运。

   商合杭铁路在湖州车站北北端疏解后分方向引入湖州站，实施宁杭客专预留的商合杭4线（含正线2条）线上工程，湖州站改造为5站台14线（含正线6条），改造后，宁杭场为3站台10线，普速场为2站台4线。